El Museo Diocesano de Sigüenza abrió sus puertas en mayo de 1968. Pensado y preparado durante la década anterior por mons. Lorenzo Bereciartúa Balerdi, fue inaugurado el 11 de mayo de 1968 por su sucesor en la sede diocesana, mons. Castán Lacoma, en ceremonia a la que asistió el entonces nuncio de la Santa Sede, mons. Luigi Dadaglio. A lo largo de este medio siglo de existencia ha ido ampliando espacios de exhibición y mejorando técnicamente instalaciones, al tiempo que se han ido realizando restauraciones de buen número de obras.
Actualmente, el Museo Diocesano exhibe tres centenares de las más valiosas obras que atesora; y guarda otras 600 de menor categoría artística, entre las que se incluye una colección de piezas arqueológicas precristianas. Los fondos proceden, en su mayor parte, de templos, ermitas y capillas rurales de la diócesis, que en el Museo Diocesano tienen mejores cuidados y seguridad que en las poblaciones de procedencia. Al director actual es el sacerdote Miguel Ángel Ortega Canales, licenciado en Historia y Bienes Culturales en Roma, le han precedido otros cinco: Aurelio de Federico, Felipe Peces, Ignacio Sebastián Ruiz, Alfonso Duch y Julián García Sánchez. Miguel Ángel Ortega ha anunciado que durante el Jubileo de la Catedral habrá varias muestras extraordinarias en el Museo para conocer mejor los 850 años de existencia de la basílica seguntina.